O nome do clube surgiu em homenagem ao Hidroavião Sampaio Corrêa II, que apontou na cidade de São Luís, na Praia do Caju, atual Av. Beira Mar, pilotado por Pinto Martins e Walter Hinpton.
O uniforme oficial do clube foi inspirado na camisa do Fluminense do Rio de Janeiro, e estilizado por Gervásio Sapateiro, nas cores amarelas, verde e vermelha.
O Sampaio Corrêa já foi campeão maranhense 36 vezes, sendo o maior vencedor do campeonato estadual. A maior sequência de títulos foi o pentacampeonato de 1984 a 1988.
Único campeão nacional de futebol do estado, o Sampaio já levantou três taças do Brasileirão. O Tricolor é o único do país a vencer competições em 3 divisões diferentes.
O Sampaio é o único clube do planeta a ganhar títulos em duas divisões diferentes. Campeão da Copa Norte em 1998 e da Copa do Nordeste em 2018.
Na década de 1980, o clube adotou novamente um apelido utilizado nos anos 50, impulsionado pelo êxito do filme Tubarão. Essa mudança resultou na restauração do mascote oficial do time.
O recorde de público em um jogo foi em 24 de setembro de 1998, no Castelão. Contra o Santos na Copa Conmebol, o Sampaio contou com 98.720 pessoas no estádio.
O Sampaio também é gigante em outros esportes. Nas quadras é o atual campeão brasileiro de basquete feminino. Nas areias, o time masculino é bicampeão da Copa do Brasil.